贾贤卿,57365最快最新检测中心2017级生物学专业博士研究生,师从杨四海教授。博士学位论文题为《以SD1基因位点为检测标记对水稻重组事件的研究》。
博士在读期间在PLOS Biology、The Plant Journal、Journal of Plant Physiology和BMC Evolutionary Biology等期刊上发表论文多篇,曾获研究生国家奖学金,南京大学一等英才奖学金、南京大学优秀研究生等奖项或荣誉。
埋头做事,前程自明
当我忙碌了一天,坐下来敲这些字的时候,才恍然发现博士毕业已经一年有余。回想起来在南大的六年学习生活时光,甚是想念。我2014年来到南大开始研究生学习,有幸体会过鼓楼校区西南楼前金桂肆意的香,也领略过仙林校区晚霞铺满天空的美。回看来路,想与大家分享些许体会和收获。
恰到好处的开始
于我而言,不论是来到南大,还是博士期间的课题选择,一切都来得恰到好处。
2013年的夏天,原本计划去中科院上海生科院参加保研夏令营的我,偶然发现南大生科院也在办夏令营,刚好顺路,还时间不冲突,就顺便来看看。我坐着火车晃晃悠悠来到南京,但南京的夏天对于北方人来说不够友好。我强忍着潮湿闷热的天气,心想着听完最后一天的报告就赶紧开溜。然而就在最后一天的上午,田大成老师的报告一下子吸引住了我。不同于别的老师深奥晦涩的课题内容,田老师将自己做科研的故事以及心得娓娓道来,恰好他从事的方向也是我喜欢的分子遗传与进化,忽然一下子就觉得就是他了。提问环节,我主动站起来,介绍了我自己以及表达了对于学科的喜欢。报告过后田老师找到我,和我聊了许久,我俩非常投机,一拍即合。随后我就推掉了后续的夏令营,直接返回了学校。就这样,我与南京、南大、田老师课题组以及我如今仍在从事的遗传进化学科结缘了。
博士学位论文的选题就是另一次恰到好处了。进组之后,我拜在杨四海老师门下,经过入门训练和学习之后,当时对群体遗传和进化很感兴趣,随后我将目光放到了水稻株高调控的群体遗传和分子机制上。作物的株高是决定作物产量的最重要性状之一,研究作物株高的调控一直是学科内的热点方向。在一次杂交实验中,我们偶然发现,两个株高接近的水稻品种在杂交随后多代自交之后,子代里竟然出现了株高接近亲本两倍的“巨型”水稻。发现这一现象的时候,大家兴奋不已,这意味着一个潜在的、可用的株高控制位点在向我们招手。然而,随后基因组测序结果的解析却给大家泼了一湖的冷水,找到的位点是2001年就发表在Nature上的SD1基因。通常来讲,两年多的努力连同这一课题到这里就应该结束了,如果运气好,能发表个2-3分的小文章。但是,在一次讨论会上,大家一起提出了新的想法:我们能否基于这样一个基因型重组引起表型变化的现象,构建一个可以检测重组时间的系统呢?因为,如果行得通,那么这将会是植物里最快捷、经济,假阳性最低的检测方法,这也是第一次在植物领域里实现重组事件的“表型可视化”。说干就干,又经历了两年大田试验,我们成功地构建了系统,完成了重组的检测。同时也突破了重组研究领域的一大难题,第一次对植物的有丝分裂重组进行了系统地检测评估。剩下的就是整理数据,发表文章和写作博士学位论文了。就这样,思路转变和埋头苦干促成了我的博士学位论文。
厚积薄发的过程
前面简单介绍了我的博士学位论文选题,其实在组里经受的训练和收获远多于此。成功多是积累出来的,我想,优质的学位论文和满满的收获也不例外。“多读文献,多积累经验,多思考,多问问题”,彷佛已经成了我在后来和师弟师妹们聊心得时最常说的一句话了。不同于我的想象,进组之后老师并非给我介绍大量的学科知识,塞一堆文献给我,而是安排我先跟着师兄师姐用最短的时间把实验室常用的方法和技能学会。终于,在经过了两个月的地狱训练后,有一天杨老师把我叫到办公室,说现在可以来聊聊课题的事情了。现在想来,导师的做法还是很有道理的,有多少人能够在本科毕业以后就能迅速进入角色,跟上导师的想法呢?更何况我还是跨方向过来的,不妨一边学习技术,一边理解内容。随后,每周一次的小组会和文献分享会,再到自己的第一次完整课题汇报,就这样,也算是渐渐入门了。同时,我认为除了在科研本身中学到东西之外,思维习惯和性格的磨砺也是科研推进或者论文产出的重要一环。下面分享二三趣事。
田老师经常教育我们,说:“咱们实验室没有太多人,没有太多实验方法和技能,但是成果并不少,我们是要靠想法取胜的”,每每想到这句话都我觉得受益匪浅。在计划或者决定做一件事情之前一定要先想好实验的设计如何,预期结果如何,如果结果未达到预期又如何。当你能够清楚的用学到的知识和手段来规划自己的课题的时候,就已经能做到驾驭课题,从而更加享受科研的过程。每每开大组会田老师都至少花上半个小时的时间来介绍最近的感受心得,包括科研思考、课题规划以及对于社会学的思考。至今我都认为,科学是相通的,生命科学也好,哲学也好,社会学也罢,往往保持开放而又敏锐的思维是科研工作者所必要的。
试验田里的小生命们(作者摄于2019年7月和9月)
此外,实验室的一个传统是大家都会组团去吃饭。我们也会把吃饭时间戏称为“小课堂”,因为一般都会有人来提出课题或者科研方法上的问题来边吃饭边讨论,或者是分享一些科研或文献中的趣事来聊一聊。从基因组测序技术的更新到忒修斯之船,到R语言作图技巧再到人类之母Lucy。聊的话题星罗万象,了解的内容就越广,往往思维就越开阔。很多时候,困扰很久的问题也许就在谈笑间一下子得到解答。很感谢在我研究生期间能遇到这样一帮谈天说地的师兄和师弟们。
因为课题内容需要,我们有很大一部分工作是在大田里完成的,于是每年的三伏天骑着三轮车,脖子里挂着毛巾,头上顶着草帽,一群人下地干活就成了夏天的标配。我们往往都是顶着大太阳在田里干活,晒得黝黑也几近中暑,可是大家很少抱怨什么,看到手里的数据就会觉得收获满满。而如今,一同下田干活的同学们都有属于自己的美好前途,我想这也和性格上的磨砺是离不开的。耐得住寂寞,坐得住冷板凳,吃下别人吃不了的苦。这不正是“嚼得菜根,做得大事”的真实写照吗?
水到渠成的写作
基于前面已有几篇论文发表,再加上长时间的文献积累,我的博士学位论文的写作可谓“水到渠成”。但由于一直忙于修回文章和补充数据,学位论文的写作基本拖到2020年1月份才开始,直到3月份结束。那段时间恰好是新冠疫情爆发之时,我只能居家写作,这样一来时间支配也就更加自由。有时候深夜给国外合作者回完邮件,我还能再写上一段学位论文。我认为当有一定完整课题的完成经历后,学位论文的写作就手到擒来了,以下分享一些经验:
一、千万不要忽视论文大纲的重要性。通常写作的第一件事是给论文拟好题目以及撰写一个简明扼要的大纲,好的大纲不仅能体现你对行文的构思,也能体现你对写作内容的驾驭能力。因此,花功夫在整理大纲上,绝对是事半功倍的。虽说博士学位论文没有太死板的格式规定,但是写作规范依然是有迹可循的。当打不开思路或者没有灵感的时候,不妨多读读往届的优秀论文,或者实验室师兄师姐们的论文,相信总会有很多收获。这里强调一点就是,行文思路一定要讲求逻辑,好的故事一定是循序递进,由浅入深,最后再跳脱出来,给出通俗易懂的总结。
二、站在读者的角度思考。无论是科学论文也好,还是博士论文也罢,通常都会包含有深度的科学问题和内容,不熟悉的读者往往需要一定的铺垫才能进入作者描述的场景中。“好的论文一定是给别人而不是自己看的”,这是我的导师经常说的一句话。通常情况下,由于对自己的课题内容太熟悉但驾驭力不足的时候,往往很难跳脱出来,站在读者的角度来看待自己的课题内容,从而让自己陷入“我都已经很详尽的解释了,对方依旧没有看懂”的困境。这种时候不妨把自己设想成外行,从背景知识介绍课题设计到结果分析都应当由浅入深,层层递进。
三、注重从一而终的严谨。我见过不少在论文答辩会上,评委批评论文中出现错别字太多,格式不统一,作图不规范,图片模糊不清等问题。因为通常博士学位论文都会超过一百页,而这其中需要注意的格式问题数不胜数,所以我们不妨从最开始就把这些规范都做好。这样论文一气呵成的时候,就不会担忧存在格式问题。
通往实验基地的小路(作者摄于2019年初秋)
以上是我关于读博和论文写作的些许感悟。我很喜欢的一句话是“做事也是一种修行”,做事情要下功夫,下慢功夫,读博如此,论文写作亦如此。埋头做事,莫问前程,因为前程自明。最后,感谢一路走来帮助和指导过我的每一个人。一路与你们相伴,我很幸运和幸福。也祝愿大家科研愉快,生活舒心,前程似锦。